Un 13 de noviembre del año 1655 un poderoso terremoto sacudió la ciudad de Lima sin causar daños ni al muro ni a la imagen del Cristo crucificado pintada en él por los angolas. Este hecho prodigioso fue el que dio comienzo al culto popular al Señor de los Milagros, propagándose rápidamente entre la feligresía local pero sin la autorización del párroco del templo de San Marcelo, razón por la cual éste solicitó a la autoridad eclesiástica inmediata superior que se demoliera el muro a fin de evitar cualquier acto profano. Sin embargo, la destrucción no pudo llegar a cumplirse debido a circunstancias fuera de lo común, quedando en pie el muro y la pintura del Cristo continuó ganando el prestigio y el favor del pueblo.

En el año 1661 Antonio de León se interesó por la imagen del Cristo Crucificado pintado por los negros angolas; el muro estaba en mal estado, ya que tras él corría una acequia que había debilitado su base. De León mejoró las instalaciones del sitio y construyó un apoyo a modo de altar, el cual sirvió también para reforzar la base dañada de la pared. Este hombre padecía de un tumor maligno y cada vez que visitaba el sitio pedía la gracia de curarse, hasta que la consiguió. Años después, Sebastián Antuñano, el tercer Mayordomo y el gran artífice del culto al Cristo Morado, compró el lugar y levantó una capilla.Cada año la procesión del Señor de los Milagros se hace más grande y hermosa.

Las andas viejas se han remplazado por andas de plata, las cuales tienen en el monasterio una sala donde se guardan bajo el cuidado de personal especial. La primera procesión del Cristo de Pachacamilla ocurrió en 1687, cuando otro terremoto sacudió a Lima nuevamente.

Es por ello que Sebastián de Antuñano mandó a hacer en lienzo una copia del Cristo que figuraba en el muro y lo sacó en procesión a recorrer las calles de la ciudad. Al conmemorarse el primer aniversario del terremoto del 28 de octubre de 1746, la imagen tomará la costumbre de salir el 28 de octubre, visitando calles, templos, monasterios y hasta ramadas. En realidad son dos imágenes las que salen en procesión cada mes de octubre: una, el lienzo con la copia del Crucificado del muro, y otra, la de la Virgen de la Nube, devoción ecuatoriana que la madre Antonia trajo al Perú. Las andas de plata del Señor de los Milagros son llevadas por 32 miembros de la Hermandad de Cargadores del Señor y tienen un soporte de madera de roble. Solamente en plata su peso es de 450 kilos. Los cargadores obedecen a su capataz general y a un subcapataz y están organizados en cuadrillas, cada una con su propio jefe.

También hay una hermandad de sahumadoras, las cuales portan antiguos y ricos sahumadores de plata, y una de cantoras; finalmente hay un martillero que da la orden de detenerse y de continuar la marcha de la procesión. Todas estas personas visten de color morado. La anda sale de su sala especial en el monasterio de las Nazarenas por la puerta grande que da a la avenida Tacna e ingresan al templo. Allí la imagen recibe el saludo y el amor de miles de devotos.